對實驗的反應 實驗本身受到了關于在科學實驗上的倫理質疑，因為這項實驗對參與者施加了極度強烈的情感壓力(雖然這種壓力可以說是由他們本身自由操作所造成的)，盡管這項實驗帶來了對人類心理學研究的寶貴發現，許多現在的科學家會將這類實驗視為是違反實驗倫理的。 米爾格拉姆則辯護道，之后的調查發現當時的參與者中有84%稱他們感覺"高興"或"非常高興"參與了這項實驗，15%參與者選擇中立態度(有92% 的參與者做了事后的調查)，之中許多人事后還向米爾格拉姆表達謝意。而且米爾格拉姆還不斷接到這些前參與者想要再次協助他進行實驗，甚至想加入他的研究團隊。
六年后(也就是越戰規模最大的時期)，其中一個前參與者與米爾格拉姆聯系，表示為何他們會感覺"高興"參與了這項實驗： "1964年當我在進行實驗時，雖然我相信我是在傷害某個人，但我完全不曉得我為什么要這樣做。當人們根據他們自己所信仰的事物并順從的服從權力者行動時，很少人會意識到這點...請允許我這樣認為，我被權力機關征召入伍，而這將會讓我做出一些連我自己都會害怕的壞事. ... 如果我拒絕服兵役的良心申請(Conscientious Objector)不被權力機關所批準，我已經準備因此而去坐牢，這對我的良心而言是唯一的選擇。我唯一的希望，是我那些同樣被征召的伙伴們也能如此發揮他們的良心..." 不過，實驗的經驗并不是對每個參與者都有終身的改變。許多參與者都沒有依據現代的實驗標準被告知細節，離去時的面談也顯示許多參與者看起來仍沒有理解到這項實驗的真實情況。
實驗所引起最主要的評論不在于實驗方法的倫理爭議，而在于實驗所代表的意義。
一位在1961年的耶魯大學參與者在Jewish Currents雜志上寫道，當他在擔任"老師"的中途想要停止時，便是懷疑到"整個實驗可能只是設計好，為了測試尋常美國民眾會不會遵從命令違背道德良心—如同德國人在納粹時期一樣"而這便是實驗的初衷之一。
米爾格拉姆在他《服從的危險》一書中便稱："我們所面臨的問題便是，我們在實驗室里所制造的使人服從權力的環境，與我們所痛責的納粹時代之間有怎么樣的關聯。"
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